tRNA

tRNA ist die Kurzform für Transfer-RNA. Transfer-RNAs sind kurze Ribonukleinsäuren (RNA). Die Länge reifer tRNAs liegt in der Regel zwischen 73 und 95 Nukleotiden. Sie vermitteln bei der Translation die richtige Aminosäure zum entsprechenden Codon auf der mRNA.

Struktur

tRNA-Moleküle bestehen in der Regel aus 73 bis 95 Nukleotiden eines einzelnen RNA-Stranges. Neben den vier Grundbausteinen der RNA (Adenosin, Uridin, Cytidin und Guanosin) enthält tRNA eine Menge verschiedener, modifizierter Standardbasen. So hat man beispielsweise die Nucleoside Dihydrouridin (D), Inosin (I), Thiouridin, Pseudouridin (Ψ), N⁴-Acetylcytidin (ac⁴C) und Ribothymidin (T) identifiziert. Häufig sind die Basen auch verschieden stark methyliert.

In jedem tRNA-Molekül treten Paarungen konjugierender Basen auf, sie bilden doppelsträngige Bereiche aus. In einer zweidimensionalen Darstellung hat tRNA eine kleeblattartige Sekundärstruktur. Diese Struktur bildet einen Stamm und drei Schleifen: eine Dihydrouracil-, eine TΨC- und Anticodonschleife (vgl. Bild rechts).

Die so genannte Dihydrouracil-Schleife verdankt ihren Namen den häufig in ihr enthaltenen Dihydrouracilresten. In Abbildungen ist sie in der Regel links dargestellt. Jedoch sind nicht in jeder Dihydrouracil-Schleife immer Dihydrouracilreste vorhanden.<ref>Grosjean, H., R. Gupta und E. S. Maxwell (2008): Modified nucleotides in archaeal RNAs. In: Archaea: new models for prokaryotic biology. P. Blum, Ed., Caister Academic Press, Norfolk, UK, S. 171–196.</ref> Die Dihydrouracil-Schleife dient vor allem der Erkennung der tRNA durch die Aminoacyl-tRNA-Synthetase.

Auf der Anticodonschleife befindet sich ein spezifisches Basentriplett, das sogenannte Anticodon. Die Schleife besteht immer aus fünf konjugierenden Paaren und sieben ungepaarten Basen, von denen drei das Anticodon bilden. Dieses interagiert mit dem komplementären Codon der abzulesenden mRNA (vgl. Abschnitt Funktion).

Die in Abbildungen rechts dargestellte TΨC-Schleife enthält sieben ungepaarte Basen, von denen drei die namensgebenden Sequenz TΨC bilden. Dabei steht Ψ für Pseudouridin. Diese Schleife/dieser Arm bindet an die 5S-rRNA der großen Ribosomenuntereinheit. Zwischen dieser Schleife und der Anticodonschleife liegt eine so genannte variable Schleife. Je nach tRNA ist diese unterschiedlich lang.

Der Akzeptorstamm ist an seinem 5’-Ende phosphoryliert. Sein 3’-Ende zeigt immer die Sequenz CCA-3’. Das 3’-Ende, ein Adenosin, präsentiert seine Ribose, was eine wichtige physiologische Rolle hat. An diesem Ende, der 3'-OH-Gruppe der Ribose, wird die Carboxygruppe einer korrespondierenden Aminosäure verestert und damit an die tRNA gebunden (vgl. Abschnitt Funktion).

Am häufigsten findet man die modifizierten Basen unter den nicht konjugierten Basen der Kleeblattstruktur. Die tatsächliche dreidimensionale Tertiärstruktur ähnelt einem (in der Abbildung umgedrehten) „L“, dessen zwei Arme den Aminosäuren-Akzeptorstamm und die Anticodonschleife bilden. Die funktionell wichtigen Abschnitte liegen also so weit wie möglich voneinander entfernt. Die dreidimensionale Struktur von tRNA aus Hefe wurde bereits 1974 in einer Auflösung von 300 pm (3 Å) unabhängig von zwei Gruppen um Rich und Klug aufgeklärt.<ref>Kim, SH. et al. (1974): Three-dimensional tertiary structure of yeast phenylalanine transfer RNA. In: Science 185(149); S. 435–440; PMID 4601792; doi:10.1126/science.185.4149.435.</ref><ref>Robertus, JD et al. (1974): Structure of yeast phenylalanine tRNA at 3 Å resolution. In: Nature 250(467); S. 546–551; PMID 4602655; doi:10.1038/250546a0.</ref> 2000 wurde eine Struktur mit einer verbesserten Auflösung von 1,93 Å publiziert.<ref name="X2000">Shi, H. und Moore, PB. (2000): The crystal structure of yeast phenylalanine tRNA at 1.93 Å resolution: a classic structure revisited. In: RNA 6(8); S. 1091–1105; PMID 10943889; PMC 1369984 (freier Volltext, PDF).</ref>

• TRNA-Ala yeast.svg

  Eine tRNA^Ala aus S. cerevisiae

• TRNA-Phe yeast blanco.svg

  Eine tRNA^Phe aus S. cerevisiae<ref name="X2000" />

• TRNA-Met yeast.svg

  Eine tRNA^Met, nicht die Initiator-tRNA (siehe unten), aus S. cerevisiae

Funktion

Bei der Translation in der Proteinbiosynthese muss im Ribosom entsprechend dem genetischen Code zu jedem Basentriplett auf der mRNA die passende Aminosäure an die Peptidkette angehängt werden. Diese Aufgabe wird durch die tRNA vermittelt. Dazu gibt es für jede Aminosäure mindestens eine, häufig aber auch mehrere verschiedene tRNAs.

Beladung der tRNA mit einer Aminosäure

tRNAs werden abhängig von ihrer Sequenz unter ATP-Verbrauch von der jeweiligen Aminoacyl-tRNA-Synthetase am 3’-Ende spezifisch mit der zugehörigen Aminosäure beladen. Dazu wird an die 3’-Hydroxygruppe der Ribose des Adenosins die Carboxygruppe der Aminosäure in Esterbindung angehängt und eine Aminoacylgruppe entsteht. Häufig erkennt die Aminoacyl-tRNA-Synthetase dazu das Anticodon auf der tRNA. Es können aber auch andere Strukturelemente bei der Erkennung eine Rolle spielen, hauptsächlich der Akzeptorstamm.

Ein besonderer Fall sind die tRNAs, die mit Alanin beladen werden (tRNA^Ala). Unabhängig vom Organismus weist die tRNA^Ala ein G–U-Basenpaar an den Positionen 3 bzw. 70 im Akzeptorstamm auf.<ref>Reginald Garrett und Charles M. Grisham: Biochemistry. (International Student Edition). Cengage Learning Services; 4. Auflage 2009; ISBN 978-0-495-11464-2; S. 958.</ref> Wird eine dieser beiden Basen mit einer anderen durch (zielgerichtete) Mutagenese ausgetauscht, kann die resultierende tRNA nicht mehr durch die Alanyl-tRNA^Ala-Synthetase mit Alanin beladen werden.

Zunächst wurde angenommen, dass in allen Organismen für jede Aminosäure genau eine Aminoacyl-tRNA-Synthetase existiert, die alle zur entsprechenden Aminosäure gehörenden tRNAs beladen kann. Später wurde aber entdeckt, dass einigen Organismen eine oder mehrere Aminoacyl-tRNA-Synthetasen fehlen, diese aber dennoch die entsprechenden Aminosäuren in ihre Proteine einbauen können und auch die nötigen tRNAs besitzen. Diese müssen also einen anderen Mechanismus zur Beladung dieser tRNAs besitzen. So fehlt in vielen Archaea, Bakterien, Chloroplasten und Mitochondrien eine Aminoacyl-tRNA-Synthetase für Glutamin. Stattdessen bindet die Aminoacyl-tRNA Synthetase für Glutamat dieses sowohl an tRNA für Glutamat als auch an tRNA für Glutamin. Das „fehlerhaft“ an die tRNA für Glutamin gebundene Glutamat wird anschließend durch eine Transamidase in Glutamin umgewandelt.<ref>Katharina Munk (Hrsg): Taschenlehrbuch Biologie: Genetik. Thieme Verlag, 1. Auflage 2010; ISBN 978-3131448712; S. 188</ref>

Einbau von Aminosäuren in die naszierende Kette

Die aminoacylierten tRNAs werden von den Ribosomen für die Proteinbiosynthese genutzt. Passt das Anticodon zum entsprechenden Basencodon der Boten-RNA (mRNA), so kann sich die tRNA dort anlagern, und die herantransportierte Aminosäure an das entstehende Protein anknüpfen.

Entsprechend dem genetischen Code müsste für jedes Basentriplett, das für eine Aminosäure und nicht für ein Stopcodon codiert ist, eine tRNA existieren – in der Regel also 61.<ref>Peter Karlson, Detlef Doenecke, Jan Koolman, Georg Fuchs und Wolfgang Gerok: Karlsons Biochemie und Pathobiochemie, S. 142.</ref> Es wurde aber festgestellt, dass die Zahl der tRNA davon deutlich nach unten abweicht. Die genaue Anzahl unterscheidet sich in den Organismen, jedoch sind es nicht mehr als 41. Dennoch werden in allen Organismen alle Basentripletts zur Proteincodierung verwendet. Diese Abweichung wird durch die Wobble-Theorie erklärt.

Diese auf Francis Crick zurückgehende Theorie besagt, dass die ersten beiden Basen des Codons und die letzten beiden Basen des Anticodons nach „klassischer“ Watson-Crick-Basenpaarung Wasserstoffbrückenbindungen ausbilden; G paart damit immer mit C bzw. A mit U.<ref>Reginald Garrett und Charles M. Grisham: Biochemistry. (International Student Edition). Cengage Learning Services; 4. Auflage 2009; ISBN 978-0-495-11464-2; S. 959.</ref> Nach Cricks Untersuchungen kann die Möglichkeit der Basenpaarung zwischen der dritten Base des Codons und der ersten Base des Anticodons erweitert werden und folgt nicht dieser strengen Regel. Man spricht auch von der „Wobble-Position“.

Wenn beispielsweise die erste Base des Anticodons ein U ist, kann diese ein A oder G des Codons erkennen. Manchmal ist diese erste Base auch ein Inosin, es vermag sowohl mit U, C als auch A des Codons zu interagieren. Die Ergebnisse sind in rechts stehender Tabelle zusammengefasst.

Häufig ist die erste Base des Anticodons modifiziert. Dies wirkt sich auf die Erkennung der korrespondierenden dritten Base des Codons aus.<ref name="Amb" /> Ist beispielsweise die erste Base des Anticodons ein Lysidin (k²C), wird diese in Bakterien nur von einem A erkannt. In Mitochondrien mancher Eukaryoten basenpaart 5-Formylcytidin (f⁵C) mit A oder G. In Stachelhäutern und den Mitochondrien von Tintenfischen hat man entdeckt, dass 7-Methylguanosin (m⁷G) mit allen vier Standardbasen interagieren kann.

Demnach sind durch die Tatsache, dass der genetische Code ein degenerierter Code ist, bei dem mehrere Basentripletts für die gleiche Aminosäure codieren können, häufig nur zwei Basen für die Erkennung nötig, da sich Basentripletts für die gleiche Aminosäure oft nur in einer Base unterscheiden.

Initiator tRNAs

Bei der Synthese eines Polypeptids stellt der Startvorgang (Initiation) andere Anforderungen an die tRNA als die Verlängerung (Prolongation) der Kette. Indem die Synthese in der Regel bei einem Codon AUG (codierend für Methionin) startet, benötigt die Zelle nur für das Codon AUG eine spezielle zur Initiation geeignete tRNA. (Ein eventuell unerwünschtes Methionin wird vom Syntheseprodukt nachträglich abgespalten). Diese auch Initiator-tRNA genannte tRNA_i unterscheidet sich von einer anderen methioninspezifischen tRNA^Met, die für die Erkennung des Codons AUG innerhalb eines Leserasters notwendig ist. Obwohl beide tRNAs von derselben Methionyl-tRNA-Synthetase mit Methionin beladen werden, kann tRNA^Met nicht für das Startcodon verwendet werden.

In Bakterien, beispielsweise E. coli, wird die Initiator-tRNA als tRNA_i^fMet angegeben.<ref>Reginald Garrett und Charles M. Grisham: Biochemistry. (International Student Edition). Cengage Learning Services; 4. Auflage 2009; ISBN 978-0-495-11464-2; S. 966.</ref> Das „f“ im Namen gibt an, dass die mit Methionin beladene tRNA mit einem Formylrest modifiziert wird. Diese Reaktion katalysiert eine Methionyl-tRNA-Formyltransferase (EC 2.1.2.9), dabei wird N¹⁰-Formyltetrahydrofolat (10-CHO-THF) zu Tetrahydrofolsäure (THF) umgesetzt. Die tRNA_i^fMet unterscheidet sich in wichtigen Punkten von der tRNA^Met, so dass letztere nicht von der Formyltransferase erkannt und daher nur tRNA_i^fMet für die Initiation verwendet wird. So findet keine Basenpaarung zwischen dem ersten Cytosin und dem Adenin im Akzeptorstamm statt (vgl. Bild). Im Anticodonstamm gibt es drei aufeinanderfolgende G–C-Basenpaare. Schließlich hat die Initiator-tRNA in der D-Schleife eine CCU-Sequenz. Zusammen sorgen diese Unterschiede für eine leicht geänderte Konformation.<ref>Donald Voet und Judith G. Voet: Biochemie. Wiley-VCH 1994; ISBN 3-527-29249-7; S. 928.</ref>

Die Initiator tRNA in Eukaryoten, sowie in den Archaeen, wird nicht formyliert. Daher bezeichnet man diese als tRNA_i^Met<ref>Reginald Garrett und Charles M. Grisham: Biochemistry. (International Student Edition). Cengage Learning Services; 4. Auflage 2009; ISBN 978-0-495-11464-2; S. 977.</ref>.

• TRNAfMet e-coli.svg

  eine tRNA_i^fMet aus E. coli. Die Bereiche, die sich von der tRNA^Met unterscheiden, sind in grün hervorgehoben.

• TRNAiMet s-cerevisiae.svg

  eine tRNA_i^Met aus S. cerevisiae<ref>S. E. Kolitz, J. R. Lorsch: „Eukaryotic initiator tRNA: finely tuned and ready for action“, in: FEBS Letters, 2010 Jan 21, 584 (2), S. 396–404 (doi:10.1016/j.febslet.2009.11.047, PMC 2795131 (freier Volltext), PMID 19925799).</ref>

• TRNAiMet human.svg

  eine tRNA_i^Met des Menschen

Biosynthese von tRNA

tRNA-Gene

Organismen variieren in der Anzahl ihrer tRNA-Gene auf ihrem Genom. Der Fadenwurm Caenorhabditis elegans, ein typischer Modellorganismus für genetische Studien, besitzt 29.647<ref>WormBase: Release Notes – WS187 (25. Januar 2008).</ref> Gene in seinem Zellkern-Genom, wobei 620 davon für tRNA codieren.<ref>Spieth, J. und Lawson, D. (2006): Overview of gene structure. In: WormBook, S. 1–10; PMID 18023127; PDF (freier Volltextzugriff, engl.)</ref><ref>Hartwell LH, Hood L, Goldberg ML, Reynolds AE, Silver LM, Veres RC.: Genetics: From Genes to Genomes. 2. Auflage, 2004. McGraw-Hill: New York, NY. S. 264.</ref> Die Backhefe besitzt 275 tRNA-Gene in ihrem Genom.

In Prokaryoten sind meist mehrere Gene in Operons zusammengefasst. Die Gene können für Proteinsequenzen oder verschiedene RNA-Produkte codieren, darunter auch tRNA. In der Regel werden so mehrere tRNA auf einem Operon zusammengefasst und diese können auch proteincodierende Gene enthalten.

Bei Eukaryoten muss zwischen tRNA-Genen auf der DNA im Zellkern und tRNA-Genen auf der DNA von Mitochondrien oder Plastiden wie Chloroplasten unterschieden werden. In Plastiden sind die Gene ähnlich wie bei Prokaryoten in Operons organisiert. Die Ausstattung mit tRNA-Genen (z. B. 30 tRNA-Gene bei Marchantia polymorpha) beinhaltet alle tRNA-Gruppen, die für die Proteinsynthese in Plastiden erforderlich sind.

Jedoch liegt nicht immer ein vollständiger Satz an tRNA-Genen in Mitochondrien vor, so dass - abhängig von der Spezies - tRNAs aus dem Cytosol in das Organell importiert werden müssen. Während in fast allen Opisthokonta (z. B. im Menschen oder in der Hefe) alle mitochondrialen tRNA-Gene durch die mitochondriale DNA codiert werden, müssen beispielsweise in Nesseltieren oder Apicomplexa die meisten tRNAs importiert werden.<ref>André Schneider (2011): Mitochondrial tRNA import and its consequences for mitochondrial translation. In: Annu Rev Biochem. 80; S. 1033–1053; PMID 21417719; doi:10.1146/annurev-biochem-060109-092838</ref>

Transkription der tRNA

Prokaryoten besitzen nur eine RNA-Polymerase. Diese transkribiert den Leserahmen eines Operons, so dass in der Regel eine polycistronische mRNA entsteht. Aus dieser müssen ggf. die tRNAs durch endonukleolytische Schnitte in den intercistronischen Bereichen herausgelöst werden.

In Eukaryoten wird die tRNA im Zellkern durch RNA-Polymerase III transkribiert.<ref>White, RJ. (1997): Regulation of RNA polymerases I and III by the retinoblastoma protein: a mechanism for growth control?. In: Trends in Biochemical Sciences 22(3); S. 77–80; PMID 9066256; doi:10.1016/S0968-0004(96)10067-0</ref> Proteincodierende Gene werden dort hingegen durch RNA-Polymerase II transkribiert. Die tRNA in Plastiden wird durch eine RNA-Polymerase transkribiert, die der von Prokaryoten ähnelt (siehe auch Endosymbiontentheorie). Diese RNA-Polymerase wird auch im Plastidengenom codiert, während eine weitere aus dem Cytoplasma importiert werden muss. In den Mitochondrien gibt es zwei RNA-Polymerasen, die beide importiert werden müssen. Sie sind mit dem kerncodierten plastidären Enzym verwandt.

In Archaeen existiert für die Transkription wie bei den Prokaryoten nur eine RNA-Polymerase. Im Vergleich zu Prokaryoten ist diese aber komplexer. Größe, Anzahl der Untereinheiten und deren Aminosäuresequenzen sind eher mit den eukaryotischen RNA-Polymerasen vergleichbar.

Reifung der tRNA-Vorläufer

Die durch die Transkription entstehenden pre-tRNAs können Introns beinhalten. In Bakterien findet das Spleißen dieser Introns autokatalytisch statt, wogegen die Introns in Eukaryoten und Archaeen durch tRNA Splicing-Endonuklease entfernt werden.<ref>Abelson, J., Trotta, CR. und Li, H. (1998): tRNA Splicing. In: J Biol Chem 273(21); S. 12685–12688; PMID 9582290; PDF (freier Volltextzugriff, engl.)</ref>

Bei Eukaryoten findet sowohl die tRNA-Synthese als auch erste posttranskriptionale Prozessierungen wie das Trimmen der 5'- und 3'-Enden, Basenmodifikationen und das posttranskriptionelle Anfügen der 3'-CCA-Sequenz im Zellkern statt. Der Export in das Cytosol wird durch Proteine wie Los1 vermittelt. Im Cytosol erfolgt an der Außenmembran von Mitochondrien das Spleißen, falls Introns vorhanden sind, und auch weitere Modifikationen, bis die tRNA gereift ist.<ref>Hopper, AK., Pai, DA. und Engelke, DR. (2010): Cellular dynamics of tRNAs and their genes. In: FEBS Lett. 584(2); S. 310–317; PMID 19931532; PMC 2818515 (freier Volltext, PDF).</ref>

Variationen von tRNA-Formen im Tierreich

Die oben dargestellte „klassische“ Form der tRNA mit dreiarmiger „Kleeblatt“-Struktur wurde bei bisherigen Untersuchungen bei den meisten tRNAs bestätigt. In einigen Stämmen wurden aber stark modifizierte mitochondriale tRNAs (mt-tRNAs) gefunden, bei denen verschiedene Teile der normalen Struktur stark modifiziert waren oder ganz verloren waren. Dabei erscheint es unwahrscheinlich, dass es sich um durch Mutationen funktionslos gewordene Pseudogene handelt. Bei einer tRNA-Sequenz fehlt der D-Arm im gesamten Tierreich<ref>D. R. Wolstenholme (1992): Animal mitochondrial DNA: structure and evolution. In: D. R. Wolstenholme, K. W. Jeon (eds): Mitochondrial genomes. New York (Academic Press). 173–216.</ref>, was darauf hindeutet, das diese Sequenz bereits beim Vorfahren aller heutigen Tiere modifiziert war. Besonders stark modifizierte mitochondriale tRNA-Strukturen wurden bei Nematoden <ref>Watanabe, Y. et al. Primary and higher order structures of nematode (Ascaris suum) mitochondrial tRNAs lacking either the T or D stem. In: Journal of Biological Chemistry 269(36); 22902–22906; PMID 8077242; PDF (freier Volltextzugriff, engl.)</ref> und Spinnentieren<ref>Susan E. Masta & Jeffrey L. Boore (2008): Parallel Evolution of Truncated Transfer RNA Genes in Arachnid Mitochondrial Genomes. In: Molecular Biology and Evolution 25(5); 949–959; PMID 18296699; PDF (freier Volltextzugriff, engl.)</ref> identifiziert. Einige mt-tRNAs haben dabei große Teile der üblichen Strukturen verloren, ohne ihre Funktionsfähigkeit einzubüßen. Meist ist anstelle der verlorengegangenen Struktur eine Ersatzstruktur, z.B. eine zusätzliche Schleife (TV-Ersatzschleife), ausgebildet. Warum der Verlust einer sonst hoch konservierten Struktur, deren Mutation allen Annahmen nach fast immer letal sein müsste, hier ausnahmsweise doch möglich ist, ist bisher nicht aufgeklärt.

Siehe auch

• tmRNA

Literatur

• Reginald Garrett und Charles M. Grisham: Biochemistry. (International Student Edition). Cengage Learning Services; 4. Auflage 2009; ISBN 978-0-495-11464-2
• Peter Karlson, Detlef Doenecke, Jan Koolman, Georg Fuchs und Wolfgang Gerok: Karlsons Biochemie und Pathobiochemie. 15. Aufl., Georg Thieme, 2005, 803 S. ISBN 3-13-357815-4, 978-3-13-357815-8. U. a.: S. 142.
• Dieter Soll (Herausgeber), Uttam L. RajBhandary (Herausgeber) und T. L. Rajbhandary: tRNA: Structure, Biosynthesis, and Function. Asm Pr 1995; ISBN 978-1-55581-073-3
• Phizicky, EM. und Hopper, AK. (2010): tRNA biology charges to the front. In: Genes Dev. 24(17); S. 1832–1860; PMID 20810645; PMC 2932967 (freier Volltext, PDF).
• Rubio, MA. und Hopper, AK. (2011): Transfer RNA travels from the cytoplasm to organelles. In: Wiley Interdiscip Rev RNA. 2(6); S. 802–817; PMID 21976284; doi:10.1002/wrna.93

Einzelnachweise

<references/>

Weblinks

• The tRNA modifikation database – Umfangreiche Datenbank über modifizierte Basen in tRNAs
• Datenbank mitochondrieler tRNAs aus Säugern
• The Genomic tRNA Database (GtRDB)